SoTe kuntayhtymässä on yhtymähallitus, johon yhtymävaltuusto valitsee toimikaudekseen 9 jäsentä ja kullekin jäsenelle henkilökohtaisen varajäsenen.

Edustajat valitaan kuntien esittämistä henkilöistä seuraavasti:

• Saarijärven kaupunki 4
• Karstulan kunta 2
• Kannonkosken kunta 1
• Kivijärven kunta 1
• Kyyjärven kunta 1

Yhtymävaltuusto nimeää yhtymähallitukselle puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan.